Après l'explosion qui a détruit la ville, néo-tokyo laisse place à son nouveau visage fait de ruines. deux forces se disputent à présent le territoire : le grand empire de tokyo avec à sa tête akira, et l'organisation religieuse dirigée par dame miyako. le gouvernement, lui, a envoyé des soldats pour liquider l'enfant prodige. tetsuo, enfin, s'accoutume petit à petit aux capsules libératrices de sa force, jusqu'à ce que dame miyako lui apprenne que la véritable puissance se trouve ailleurs...