Les diclonius, sont des êtres dangereux créés par les humains, puis gardés dans un laboratoire de haute sécurité. après un accident, lucy, une diclonius, parvient à s'échapper en tuant toutes les personnes sur son chemin ! blessée, elle est recueillie par kouta, un jeune homme qui se promenait avec sa cousine. l'armée utilise tous les moyens possibles pour retrouver lucy.