2039 : alors que le réchauffement climatique a fait monter le niveau des océans, les forces navales humaines sont décimées par la mystérieuse «flotte du brouillard», dont les navires doués d'intelligence empêchent tout déplacement maritime.17 ans plus tard iona, avatar de l'un de ces navires, rejoint les forces humaines et s'allie à gunzo chihaya. son aide ne sera pas de trop car le jeune homme, capitaine des corsaires blue steel, est engagé par le gouvernement japonais pour une mission qui pourrait enfin permettre à l'humanité de rivaliser avec ses ennemis.