la team rocket, avec à sa tête le terrible giovanni, a semé le chaos à travers l'archipel des îles sevii. leur objectif est un mystérieux pokémon venu de l'espace capable de changer d'apparence: deoxys. rouge, bleu et verte partent à l'assaut de la tour dresseurs pour contrecarrer les terribles plans qui menacent la région de kanto. mais les exactions de giovanni cachent une motivation toute particulière.