Trois ans se sont écoulés depuis le « grand changement » durant lequel la situation de boruto et celle de kawaki se sont inversées. jûbi, que manipule code, évolue vers un shinju doté d'une conscience, et le monde doit faire face à une nouvelle menace ! quant à sasuke, il a été, lui aussi, absorbé par un arbre... boruto revient de nouveau au village, mais mitsuki l'attaque brusquement...!