Rachel, la mère de rebecca, est sortie de son long sommeil. elle annonce un avenir terrifiant : mother s'apprête à mourir et cela entraînera la fin du genre humain. afin d'éviter cela, tout l'équipage de l'edens zero décide de se rendre pour un voyage sans retour pour le dernier monde, « univers zéro ». le récit reprend là où tout a commencé, à granbell. shiki et rebecca, puis happy, voilà l'heure des retrouvailles ! un nouveau départ pour une aventure qui doit leur permettre de sauver le monde !