Kyôto, 1863. nio et iroha, deux jeunes orphelins sont manipulés par deux samouraïs, surnommés « miburo » par les kyotoïtes, pour servir d'appâts afin d'arrêter un groupe de malfaiteurs kidnappant les enfants dans la capitale. pour se faire pardonner, sôji et hijikata proposent à nio de devenir le troisième loup. ce dernier, lassé de voir les injustices de ce monde, accepte, bien déterminé à redresser cette société dont les enfants subissent les travers.