L'édition originalean 2000. un astéroïde frappa la terre, provoquant un cataclysme sans précédent. les humains qui survécurent construisirent une nouvelle ville, tokyo-3, et s'apprêtaient à vivre enfin en paix lorsque de mystérieuses créatures appelées anges apparurent, semant la terreur et la destruction. pour repousser ces attaques, la nerv a fait appel à shinji pour piloter le robot de combat eva-01 en remplacement de rei, blessée. la jeune fille se rétablit petit à petit, ce qui lui permet de faire plus ample connaissance avec shinji. comment se fait-il qu'ils soient les deux seuls capables de piloter les eva ? quel point commun les unit ? peut-être le découvriront-ils quand ils devront additionner leurs forces au combat...